Пишите соотв. скрипт, который будет выставлять нужные права при каждом pull'e или ином действии.
И так вопрос решается ещё проще, открываем файл
sudo nano /home/username/.profile - где username ваш пользователь
По дефолту в этом фале строка umask 022 закомментирована соответственно раскомментируем её, сохраняем, перезагружаемся, и всё, все файлы создаются с нужными нам правами и никаких танцев с бубнами)
Так же в фале
/etc/apache2/envvars
Стоит изменить строку
export APACHE_RUN_USER=www-data
А именно "www-data" на имя вашего пользователя
