Можно реализовать так:
1) письма приходят на разные ящики, и таким образом можно создать несколько Mail Handlers на основе стандартного Mail handler (используется один ящик с несколькими псевдонимами и catch email address поле в настройке хендлера).
2) В разных хендлерах можно задать разный issue type, или например другого default user(думаю это подойдет для вас) и написать post script для установки security level основываясь на issue type или reporter.
Но вообще это слегка костыльные решения и я бы предложил использовать enterprise mail handler, или настроить issue collector (в них больше возможностей управления полями issue, чем в стандартном mail handler)
