Vicavic

Перегрузить метод анимации (если таковой есть в bootstrap). для jquery точно есть, и не один, тысячи их. Возможно даже не надо самому делать.

Блин… что за советы… там есть встроенный класс: navbar-fixed-bottom

<div class="navbar-fixed-bottom row-fluid">
      <div class="navbar-inner">
          <div class="container">

Рекомендую познакомиться с simplacms.ru/

Отечественная разработка.
Последняя версия написана с нуля в 2011 году (не тянет за собой горы legacy кода).

Покрывает ваши требования на 85%+
Оставшееся дописать не сложно, любой нормальный программист разберется без проблем.

С лицензией идет пожизненная тех. поддержка от разработчика CMS и доступ к обновлениям.
Стоимость лицензии — 395$.

Плюсы:
1) очень хорошо написан исходный код (открытый полностью, прокомментирован на русском).
2) внимательная тех. поддержка (разработчик ведет ее самостоятельно)
3) очень удобная админка (обычно клиенты в восторге от нее)
4) высокая производительность (по словам разработчика держит на виртуальном хостинге 500 000 товаров без проблем)

Из минусов (для вашего случая):
1) оплачивать нужно каждый отдельный домен (при условии, если магазины разные), но можно получить скидку на оптовый заказ.
2) у системы не модульный тип построения, и готовых расширений в сообществе мало.