Использовал версию qt-everywhere-opensource-src-4.8.6.zip как для Windows 7, так и для WEC7. Конфигурация перед сборкой зависит от SDK, поставляемого с устройством. У меня собралось с такой командой:
configure -platform win32-msvc2008 -xplatform wince70embedded-armv4i-msvc2008 -nomake examples -no-accessibility -no-phonon -no-openssl -no-qt3support -no-scripttools -no-gif -no-opengl -no-script -no-scripttools -debug-and-release
Затем вручную устанавливал пути (они тоже зависят от SDK):
set INCLUDE=C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\include;C:\Program Files (x86)\Windows CE Tools\SDKs\Wince7SDK\Include\Armv4i
set LIB=C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\lib\armv4i;C:\Program Files (x86)\Windows CE Tools\SDKs\Wince7SDK\Lib\ARMv4I
set PATH=C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\bin\x86_arm;%PATH%
Далее nmake. Весь процесс занимает около 1 часа в зависимости от собираемых частей.
Проблемы на этом не закончились. VS2008 (Qt Add-in) не увидела SDK, с которым я собирал Qt. Как заставить студию непонятно. Похожая проблема гуляет по сети и ясности пока там никто не навёл (в поисковике: Visual Studio Add-In 1.2.4 does not recognize the installed SDK). Поскольку нельзя подцепить сборку, то и проект мастером не создать.