Делаешь 2 слоя, на верхнем слое в шаблоне добавляешь нумерацию и колонтитулы, на нижний помещаешь pdf с помощью скрипта
https://www.youtube.com/watch?v=OZKzrbfVELw
Можешь еще заморочиться и собирать каждый кусок в отдельный документ, а документы собрать в книгу
https://www.youtube.com/watch?v=Q7bdWSGd-Fw 
