Раз первый коммит единственный и он тебе не нужен, то можно просто удалить репозиторий на GitHub и создать заново. Но можно и не пересоздавать:
# удалить все файлы в рабочей копии
git rm -r *
# создать на месте первого коммита пустой коммит
git commit --allow-empty --amend --message "Initial commit"
# отправить текущую ветку на GitHub
git push --force
Получишь чистый репозиторий с начальным пустым коммитом.
Сам пустой коммит можно использовать как основу для построения своего дерева коммитов.
Либо через ключ --amend замени его на что-то более осмысленное.
А ещё лучше не заниматься ерундой, исправить код и исправить коммит ключиком --amend
