Зубрить документацию (не советую, ты выучишь и забудешь)
Брать задачки и решать, очевидно ты многого знать не будешь как сделать, но для этого задачки и нужны. Просто гуглишь, а лучше учишься пользоваться документацией, и все. Когда пишешь код, все само запоминается.
Можешь просто редактировать package через php, благо он умеет работать с файлами, и просто запускаешь консоль из кода с нужной командой.
Фактически получится так что, ты сделал самодельную веб-оболочку для npm))