Скорее всего сделать "правильно" не получится. Вы ещё не указали какая версия CRM у вас, но подозреваю что не SugarCRM 7.
В любом случае сделать модуль, доступный на всех страницах, имхо, в архитектуре шуги невозможно. Точнее возможно, но именно так как вы описали - правкой главного шаблона.
В нашем проекте была схожая задача - нужна была панель телефонии, которая слушала asterisk и позволяла проводить различные манипуляции. Показывала входящий номер, позволяла менять статус оператора, выводила статистику и так далее. Сделали это тем что в основном шаблоне добавили подключение вьюхи, которая и выводила всё это. Ну а уж от куда будет подключаться вьюха - вам решать. Можете разместить её в отдельном модуле со всеми вытекающим от сюда плюшками.