Дела обстоят примерно так.
Удобней работать через консоль, и даже лучше.
Потому что
- Быстрей
- Многие работодатели требует работу именно через консоль
- Большенство работает через консоль, соответсвенно если у тебя будут проблемы, то ты их можешь заскринить и тебе кто-то да ответит
А у софта все таки из плюсов
- Визуализация
- И если ты не можешь запомнить простейшие команда, которыми ты пользуешься каждый час, то софт
Решать тебе конечно, но у консоли больше плюсов.
Но все таки из софта лучше всего наверное source tree. Он бесплатный, но вот не знаю есть ли он на windows.
Ссылку 
