Sqlite это встраеваемая БД и URI для нее будет иметь вид jdbc:sqlite://dirA/dirB/dbfile. Т.е. Вам нужно указать путь до директории где будет лежать (или уже лежит) файл с БД.
Учтите также, что сам spring ничего создавать не будет, файл бд должен существовать.
