Если вы не уменьшили MTU ipip интерфейса до правильного значения, то, вероятнее всего, один большой пакет для прохождения туннеля фрагментируется на две части, из-за чего вы и видите уменьшение скорости вдвое.
Подстройте MTU ipip-интерфейса, он должен быть как минимум на 20 байт меньше (в случае ip4-ip4).