Я делаю так:
главный app.scss и файл настроек settings.scss (здесь глобальные переменные, типа размер шрифта, цветовая схема etc.) в корне каталога scss;
здесь же несколько каталогов - vendors (для всевозможных дополнений + reset или normalize), components (миксины, классы...), partials (для страниц типа 404, отдельных страниц или их элементов).
Структура совсем не обязательная: от проекта к проекту может очень сильно отличаться как количеством файлов/каталогов, так и "разбивкой" на страницы/элементы_страниц. Сейчас, к примеру, делаю сайт на ВП. Там дерево пока выглядит так:
$ tree
.
├── app.scss
├── components
│ ├── _classes.scss
│ ├── _components.scss
│ ├── _mixins.scss
│ └── _typography.scss
├── partials
│ ├── _404.scss
│ ├── _global.scss
│ ├── _index.scss
│ ├── _partials.scss
│ ├── _posts.scss
│ ├── _skip.scss
│ └── _woo.scss
├── _settings.scss
└── vendors
├── _reset.scss
└── _vendors.scss
3 directories, 15 files
Это только начало. В дереве есть файл woo.scss: там пока общая "обертка", просто до оформления магазина пока не добрался. Типография вынесена в файл _typography.scss отдельно потому, что там всякие вертикальные ритмы, золотые сечения...
Как-то так :)