РЕШЕНИЕ:
$content = File::get($path_to_file);
$crawler = new Crawler($content);
$elem = $crawler->filter('#main_text');
if ($elem->count() > 0) {
$newHtml = 'Мой <br> текст: <span>ТЕСТ</span>?';
$blockHtml = $elem->html();
$updatedHtml = str_replace($blockHtml, $newHtml, $crawler->html());
$crawler = new Crawler($updatedHtml);
}
File::put($path_to_file2, $crawler->html()); //html_entity_decode
P.S.
Простой замены содержимого с элементами HTML тегов методами Crawler нету, ну либо я не нашел.
...
Прикольно, что даже бывалые в этой теме глухи, а значит они тоже не знают, ахахахаха