Попробуйте переименовать исходный файл, например, в aaa_token.py и попробовать сконвертировать еще раз в exe уже переименованный файл.
Только что бился с такой же проблемой, на файлах copy.py и insert.py pyinstaller зависал на стадии Extending PYTHONPATH with paths, а затем вываливался с таймаутом как у Вас.
Воспроизвелось на разных конфигурациях питона и винды.
Мне помогло только переименование файла.