Думаю, всё восходит к традиции письма, которая влияет на психологию восприятия. Мы всю жизнь пишем тёмным по светлому и читаем так же, мозг привык, так ему проще всего воспринимать информацию в чистом виде, не отвлекаясь на переработку цветовой схемы, пусть и монохромной.
Есть ещё подозрение на некий психофизический эффект. Белый на чёрном очень яркий, он значительно ярче фона. Такой текст возможно дополнительно нагружает зрение и психику, он кажется более контрастным. Обратите внимание, что у программистов с чёрной схемой практически отсутствует чистый белый текст, у них все цвета текста разные и немного приглушены.
