А почему так криво сделано? Наверное, более важный вопрос, который стоит решить, тогда необходимость в решении вашего отпадет само собой.
А негативно повлиять может следующим образом: практически все пользователи будут перенаправляться на страницу с JS, и соответственно адрес оригинальной страницы они скорее всего никогда не увидят. И поэтому всегда будут ставить ссылки на эту страницу с JS, поисковики будут ходить именно по этим ссылкам, и учитывать именно их.
