В общем то и правда, тупо копипастить не надо, я пропустил часть статьи.
Most Apache installations have a conf.d directory included. On Linux systems you can usually find this directory under /etc/apache or /etc/apache2. Log in as root, change to the conf.d directory and link the appropriate template in /opt/otrs/scripts/apache2-httpd.include.conf to a file called zzz_otrs.conf in the Apache configuration directory (to make sure it is loaded after the other configurations).
В общем то, мое решение с копированием файла было почти верным, просто я не туда его копировал.
В итоге сделал символьную ссылку на файл.
ln -s /opt/otrs/scripts/apache2-httpd.include.conf /etc/apache2/sites-available/zzz_otrs.conf
Не знаю, насколько это правильно, но у меня заработало.
Спасибо за пинок Apolakov
Apolakov