Естественно можно, я использую контейнеры docker (wireguard, outline, vless). Зоопарк растет исходя из обстановки. Судя из этой ссылки
https://github.com/wg-easy/wg-easy у вас также WireGuard находится в контейнере. Для каждой веб морды указывайте разные порты и как правильно отметил
Drno порты для входящего/исходящего потока.