Вы ищете 9000 порт, а в конфиге 9009. Обычно по умолчанию на 9000 порту работает FPM, и по этому возможны конфликты. Раз вы в конфиге указали 9009 порт, то и в шторме в Debug port и в DBGP proxy -> Port укажите 9009
Отвечу сам)
Почему-то телеграм не захотел принимать сертификат именно от Let's encrypt.
Заказал сертификат в регру - принял без проблем.
Так же самоподписанный принял