Пока по нагугленному по этой ссылке
https://github.com/xplodwild/bbqscreen_client/issues/2 поменял в Makefile местами lswresample и lavutil, получился следующий порядок:
omxplayer.bin: version $(OBJS)
$(CXX) $(LDFLAGS) -o omxplayer.bin $(OBJS) -lvchiq_arm -lvchostif -lvcos -ldbus-1 -lrt -lpthread -lswresample -lavcodec -lavformat -lavutil -lswscale -lpcre
$(STRIP) omxplayer.bin
Содержание ошибки немного изменилось, похоже, если поиграться расположением библиотек, можно добиться желаемого.
Попробую завтра, а сейчас надо немного поспать ).
Но если кто может подсказать решение, будет круто.