С помощью Java можно создать прозрачный оверлей с нужной графикой.
Пример:
https://stackoverflow.com/questions/1768062/how-to...
При этом естественно переключится окно.
Если необходимо рисовать прямо поверх оконного менеджера, потребуется что-то более низкоуровневое чем Java.