Была такая же проблема.
Насколько я понял, плагин Hyyan не может рассинхронизировать вариации.
Чтобы они стали доступны для редактирования, там есть в настройках плагина галочка, убирающая блокировку полей, но в моём случае нужно было добавить разные загружаемые товары, а Hyyan, видимо, умеет только делать перевод текущих.
Если посмотреть в Polylang->languages->Custom post types and Taxonomies: там даже блокируется галочка, чтобы отключить синхронизацию товаров было невозможно.