Условие внутри объявления. Измените на:
$arrProgressBuilds = [];
if (!empty($arResult['PROPERTIES']['per1']['VALUE'])) {
$arrProgressBuilds[] = [
'name' => $arResult['PROPERTIES']['per1']['NAME'],
];
}
if (!empty($arResult['PROPERTIES']['per2']['VALUE'])) {
$arrProgressBuilds[] = [
'name' => $arResult['PROPERTIES']['per2']['NAME'],
];
}
if (!empty($arResult['PROPERTIES']['per3']['VALUE'])) {
$arrProgressBuilds[] = [
'name' => $arResult['PROPERTIES']['per3']['NAME'],
];
}
Учитесь читать ошибки, в них написано что не так.