Вероятнее всего вы просто выходите из ssh сессии и бот выключается,нужно что бы бот работал в фоне.Используйте например screen.
Открываете новый screen,запускаете бота,нажимаете ctrl a d(выходя тем самым из screen).
Готово бот работает в фоне.
Установка:
apt install screen
Подробнее о screen