Sergey

Поставить любой контроль версий

До дропбокса (не совсем понял почему его не предлагать) использовал GoodSync.

Бесплатная альтернатива от Microsoft — SyncToy.

Ну и напоследок ссылка с хабра — Синхронизация в стиле Dropbox на вашем собственном сервере.