Мне больше нравится WooCommerce. Она гораздо удобнее для разработчика, ее легче поддерживать и обновлять.
Из явных преимуществ WooCommerce перед OpenCart отмечу:
1) Вариации товара. Грубо говоря, для каждой опции товара можно указать свою картинку, свой артикул, цену и кучу других параметров. Автоматически решается проблема с наличием или отсутствием некоторых опций. В OpenCart есть функционал опций, но он очень ограничен.
2) Более-гибкая система фильтрации товаров, встроенные виджеты с фильтрами
3) Наличие полноценного блога с комментариями и кучей дополнений
4) Магазин на WooCommerce на порядок легче обновлять в силу особенностей архитектуры. OpenCart как таковой обновлять сложно. VQMOD/OCMOD, грубо говоря, меняют определенные куски исходного кода. Если сам код обновился или другой плагин его изменил, то возникают проблемы.