Если реально делать ШАБЛОН для JOOMLA то в папке с кодом сайта должна быть папка для своего оригинального шаблона типа
/templates/my_temlate/
В этой папке размещаются все php, css, js и прочие файлы для шаблона
Файл для HTML кода меню по-умолчанию в файлах
/templates/my_temlate/html/mod_menu/*.php
Часто используется только 2 файла:
default.php - основной код меню
default_url.php - код для базового элемента меню