Кто и где отвечает за хранение моделей (и в т.ч. за работу с хранилищем) зависит от задачи и используемой идеологии (active record vs data mapper).
Грубо и кратко: в случае AR проще всего делать это с помощью сервиса прямо в модели, в случае DM в репозитории.
Но для лучшего понимания хотя бы погуглите эти термины.
Сдампил и импортнул в локальную базу – все данные есть.
Оказалось, что это какой-то специфический баг для SequelPro, который проявился только после обновления на Mac OS на 10.10.1.