Сергей Тряпкин

Была аналогичная проблема, когда старую тему на вп, переводил на новый jquery.
Помогла библиотека jquery-migrate.
Вот как выглядит инициализация скриптов у меня:

wp_deregister_script('jquery');
wp_register_script('jquery', get_bloginfo('template_url').'/js/jquery.min.js', false, '1.10.1');
wp_enqueue_script('jquery');
wp_enqueue_script('query-migrate', get_bloginfo('template_url').'/js/jquery-migrate-1.4.1.min.js', array('jquery'), '1.4.1');

Сама библиотека тут.

В Google Chrome нажмите F12.
Вкладка Network.
Если я Вас правильно понял.

В файлах с вашими скриптами, допишите:
var $ = jQuery.noConflict();

Выложите пожалуйста код HTML.
Так же неплохо было бы получить ссылку где это все вертится.

Я так понимаю вы делаете все по данной инструкции: ?
_popel-studio.com/blog/article/preloader-saita-svoi...

Если да, то должно все работать, ищите проблемы в коде.

Откройте в браузере консоль и посмотрите что он там пишет.
И попробуйте не писать вот так.

finnrudolph.com/products/imageflow/download
Тут есть.

С недавних пор использую:
smoothdivscroll.com
Просто в использование и много настроек.