Чтобы найти, где расположен конфиг обычно делаю так:
1) Вывожу текущий список правил в консоль
# iptables-save
2) Беру оттуда какой-то специфичный параметр и делаю поиск по нему грепом:
# grep -R "dport 80" /etc 2> /dev/null
/etc/iptables/rules.v4:-A INPUT -p tcp -m tcp --dport 80 -j ACCEPT
Оно найдёт файл с этим элементом.
Как видно, в моём случае конфиг расположен тут: /etc/iptables/rules.v4