Выбор Java IDE

+1, после нее эклипсы с нетбинсами таким шлаком кажутся :)

Как оптимизировано обновлять несколько строк в большой таблице?

конструкция in (..) будет однозначно быстрее работать. 5 запросов в одной транзакции будут чуть медленнее, 5 отдельных транзакций (как сейчас вы и делаете) — самое медленное решение.

Как оптимизировано обновлять несколько строк в большой таблице?

можно, почему нет?
хотя в вашем случае просто выполнение этих 5ти запросов в одной транзакции даст прирост.