Вашем случае, домен очень короткий, поэтому может восприниматься пользователями как тематическая доменная зона. Т.е. для пользователя гораздо удобнее ввести адрес kiev.an.ua, чем an.ua/kiev. В поисковых алгоритмах все идет к тому, что чем более удобный сайт и полезный сайт, тем выше он будет. Поэтому не прогадаете в вашем случае если города вынесете на субдомены. При этом нужно исключить дублирование контента в папках. Т.е папок не должно быть с аналогичным конетном, что и на субдобемен, иначе вам грозит пессимизация в выдаче.
Также верен и тот, факт, что для ПС это будут разные сайты. А так как сайт в целом будет перелинкован на разные горда, то таким образом, будет идти дополнительный вес в качестве внешнего тематического цитирования.
Также google на эту тему в своей справочной документации дает понять, что более лоялен к сайтам, которые локализованный контент для разных регионов выносит на отдельные региональные домены.
