Torsionov

"Вручную" создается не то же самое.
"Автоматически" у вас ссылка на один и тот же словарь копируется в разные места словаря многократно.
А "вручную" разные словари в разных местах. Они равны, но они не одно и то же.
Ради интересу запустите

table = build_table(['ALL', 'NOT ALL'], ['A', 'B'], {1: 1})

и увидите, что получится.

А потом запустите
table['ALL']['A'][1] = 2

Подскажите, пожалуйста, что за дичь?

shared references

Как добавить значение к списку словаря в словаре?

copy.deepcopy()

Я бы сделал так - авторизовался через selenium, скопировал cookies и пользовался далее request'ом и BS4. Так как при авторизации передается некий "csrfmiddlewaretoken". Я хз как его разгадать. На странице авторизации он есть, но значение не подходит, значит он как-то меняется или шифруется с "солью".
Если авторизоваться браузером, и скопировать в скрипт из него параметр "csrfmiddlewaretoken" и cookies с именем "csrftoken" и подставив свои данные для авторизации, то авторизоваться можно.

import requests

cookies = { 'csrftoken': 'ЦиферкиБуковки'}

headers = {	'User-Agent': 'Mozilla/5.0 (X11; Linux x86_64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/84.0.4147.89 Safari/537.36',
    		'Referer': 'https://ycharts.com/login?next=/dashboard/',
}

data = {
  'csrfmiddlewaretoken': 'ЦиферкиБуковки',
  'username': 'Почта',
  'password': 'Пароль'
}

response = requests.post('https://ycharts.com/login', headers=headers, cookies=cookies, data=data)

print(response.text)