Вы уже сами видите, что с хранилищем в GAE возникают серьезные проблемы, сложность которых растет со сложностью проекта.
Поэтому советую просто оставить GAE для простых задач и отказаться от него, а для своего проекта использовать нормальную Java-платформу на виртуальном хостинге.
То время, которое вы сэкономите, не решая ненужные вам проблемы, может окупить хостинг много-много раз.