Tokenchik

Проблема решается довольно просто - необходимо установить распространение кук на весь домен, иначе будет генериться на каждую страницу свои.
Вот мой рабочий пример, просто необходимо передать для cookie параметр path

$(document).ready(function () {
    var checkCookie = $.cookie("sub-nav");
    if (checkCookie != "") {
        $('#menu > li.sub > a:eq('+checkCookie+')').addClass('active').next().show();
    }
    $('#menu > li.sub > a').click(function(){
        var navIndex = $('#menu > li.sub > a').index(this);
        $.cookie("sub-nav", navIndex, { path: '/'});
        $('#menu li ul').slideUp(200);
        if ($(this).next().is(":visible")){
            $(this).next().slideUp();
        } else {
            $(this).next().slideToggle(200);
        }
        $('#menu li a').removeClass('active');
        $(this).addClass('active');
        return false;
    });
    var checkCookie = $.cookie("sub-link");
    if (checkCookie != "") {
        $('#menu > li.sub > ul li a:eq('+checkCookie+')').addClass('active');
    }
    $('.sub ul li a').click(function(){
        var subIndex = $('.sub ul li a').index(this);
        $.cookie("sub-link", subIndex, { path: '/'});
        $('.sub ul li a').removeClass('active');
        $(this).addClass('active');
    });
});