у меня что-то подобное было на ноуте (Vista, 32 bit) (но на сколько сильные подвисания — не помню). и связаны они были с парковкой головок с раздражающим цоканьем (известное как marble drop), которое происходит из-за APM винта. после его изменения, цоканья вместе с фризами пропали. для изменения использую quietHDD, поставленный в автозагрузку с правами администратора через планировщик заданий. хотя есть много способов изменить APM.
может дело в этом?