Иван Тищенко

У вас библиотеки от python2 находятся в директории (/usr/lib64/python/site-packages) отличной от python3 (/usr/lib64/python3/site-packages).
Предложу несколько решений:
1. Быстро:

cd $PROJECT_DIR
cat "./env" > .gitignore
python3 -m venv env
source ./env/bin/activate
pip install django

2. Установка пакета python3-django в дистрибутив (нужно учесть что кроме самой дженги бывают нужны "батарейки" к ней + драйвер к БД).
3. Создать окружение Docker/LXC и передавать туда рабочую директорию (стараюсь использовать именно этот способ, но пока не удалось подключить отладчик из PyCharm в контейнер собранный ручками без docker-machine).

А excel обязательное требование? Лично мне не понравились библиотеки для работы с ним и (к моему счастью) именно в тот момент часть инфраструктуры клиента перешла на LibreOffice. Разобрался с ezodf/lxml и теперь использую их для загрузки/выгрузки отчетности (много листов и вычисляемых полей) :-)

Ну а если всё таки Excel: xlrd & xlwt,

Ту инструменты которой сможете использовать в случае необходимости...
Django - сам по себе предоставляет много информации о запросах, но иногда нужно ещё проанализировать необходимость в индексах, реже - делать резервную копию средствами СУБД и т.д.
Сам использую PostgreSQL.