1. Единственного правильно ответа нет.
2. Сразу грамотно ещё никто никогда ничего не писал, не нужно надеяться и/или переживать. Если проект учебный, то просто пишите.
3. Если «экран» — это то, что отвечает за отрисовку игры, то он точно не должен управлять логикой.
4. Если возникают проблемы с определением того как управлять набором объектов, проще всего ввести дополнительную абстракцию (как Ваш вариант 2), только назовите не Engine (слишком уж обще), а, например, UnitsManager — все команды, касающиеся юнитов шлите ему, а он внутри уже пусть сам разберётся. Это позволит разделить всю логику на две независимые части (одна делает всё с юнитами, другая с ними ничего не делает), что упростит восприятие архитектуры.
Это, конечно, примерно.
