я вижу что сообщение отправляется ни как ответ, когда захожу на почту и проверяю,Надо проверять как оно приходит, а не как уходит. Пришлите себе письмо с одной почты, ответьте с другой и проверьте приходит ли оно как ответ. То что оно отличается от отправленного из приложения нормально. И опишите нормально по пунктам чего будет не хватать в полученном ответе.
заголовок references отсутствует т.к это новое письмо,Оххх... Вы что проверяете?
Если вывести $this->mail на печать, то в заголовках отправленного письма я вижу In-Reply-To и ReferencesЯ вроде четко спросил - в пришедшем письме есть эти заголовки? То что вы пытаетесь их отправить замечательно, вопрос как они приходят клиенту.
Но я же указал вебовский php.ini через ключ командной строкиЗачем? Это плохой мув. Настройте дефолтный ини, и положите в папку нужные расширения.
Впрочем, проблема в том, что я этих модулей вообще ни в одной папке не вижу. Но под апачем он откуда-то их берётПоиск по папкам пробовали?