Так и не нашёл решения в существующей ситуации, вместо этого написал единственную точку входа, которая в зависимости от переданных параметров передаёт управление существующим main-ам (подлежит рефакторингу, но пока так) и сделал jar исполняемым с этим классом в роли Main-Class.