Ответ теоретический, вне контекста php:
1. В общем случае, хранить все в .html — не быстрее.
1. 1 Если их мало и можно все хранить в ОП, то нет необходимости хранить кучи мелких файлов. Но сериализация нужна (на случай перезагрузки).
1. 2. Если файлов намного больше, чем можно впихнуть в ОП, то хранение всего в файлах, будет менее эффективно, чем другие методы. Дело в том, что таким файлам свойственно иметь большой процент общей информации. По сути в каждом файле .html может быть от 0% до 100% уникальной информации, для упрощения выкладки, припустим что это значение равно 50%. Тогда, вами используемые средства, делают на 50% больше операций чтения/записи на файловой системе, которая, кстати, является самым слабым звеном производительности, в большинстве случаев.
Если вы храните 50% общей информации (html-шаблоны) в ОП (что в большинстве случаев возможно), то вы на 50% снижаете нагрузку с файловой системы. Если быть точным, то не 50%, а вроде чуть больше, но это уже другой вопрос с «глубоким углублением».
Если 50% уникальной информации, сложны в построении (что маловероятно), либо строятся (вычисляются / считываются) не оптимальным образом, то стоимость их построения может быть выше, чем двукратная стоимость операций на файловой системе, и тогда ваш метод эффективней, но это только по отношению к операциям чтения.
Операция записи в вашем случае, в среднем будет иметь более 95% избыточности, в случае полной перезаписи. Этого можно избежать если в файле перезаписывать только то, что изменилось, но в общем случае, с учетом устройства файловых систем, это очень сложно с точки зрения системного и алгоритмического программирования.
Таким образом, у вас сильно увеличивается нагрузка на файловую систему, что сделает ваш сайт менее эффективным, по сравнению с разработками НИИ.
2. Рекомендую использовать БД. Каждая современная СУБД, крайне не эффективна, и делает то, что вам не нужно (и не один раз). Но чтобы сделать что-то лучше, конкретно для своего проекта, потребуется очень много времени.
3. Если стоит задача сделать безопасный, быстрый, надежный сайт то, я думаю, php, asp.net, python, ruby, node.js никоим образом не сравнятся с системным программированием на С/С++/Delphi (внезапно да, даже Делфи).
4. То, что вы предлагаете — светлая инженерная мысль, удачи вам.