Murat Atila

Что у вас смещается? jsfiddle.net/oxeudj1b

Ну во первых, зачем вам эта плавность, а во вторых у вас есть эта самая плавность
transition: all 0.5s ease
при увеличении 0.5 на 3 секунды, сайт будет плавно перестраиваться в течении трёх секунд и т.д.

P.S. но если честно ваш способ задачи транзиции ужасен, зачем сразу ко всем элементам D:
это только моё мнение вообщем

Используй breakboint'ы, пример

media only screen and (min-device-width : 320px) and (max-device-width : 480px) {
/* Styles */
}

Статей на эту тему кучу, можешь под определенное разрешение экрана хоть полностью переделать сайт.

P.S. На сайте что ты скинул, используется свойство float:left и фиксированная ширина блока для трех и двух элементов, потом соответственно медиа запрос и переписка стилей. Firebug в помощь

А можно ссылку на ваш проект? попробуйте сделать так

.div {
position: absolute;
width: 100%;
margin: 0 auto;
top: XXpx;
z-index:999;
}

самый простой, но не самый лучший способ