Виктор

Немного замечаний.
1) Если сервис регистрируется как глобальный, его не надо оформлять в виде twig-extension и ставить ему тегу. Нужно одно из двух.
2) Не совсем понятно зачем нужно оборачивать findAll() в массив. Попробуйте сделать просто

return $this->em->getRepository('BloggerBackendBundle:Categories')->findAll()

и в twig ваш первый вариант должен заработать. Сейчас в первом варианте в переменной item получается как раз массив ваших категорий, ключами которых идут числа, о чем и говорит ошибка.

Сделайте сервис, который сможет отдавать нужные вам данные по запросу нужного метода.
И заинжектите сервис в twig.
В config.yml:

twig:
    globals:
        your_service: '@your_service'

В twig можно просто дергать {{ your_service.someMethod() }}

Немного документации.