1. Писать свои плагины и через хуки пихать нужный вывод в нетронутые (тобой) woocommerce шаблоны.
2. Если это не поможет - копировать, к примеру, "/wp-content/plugins/woocommerce/templates/content-product.php" в папку
/wp-content/themes/твоя_активная_тема/woocommerce/content-product.php и именять его там.
"1." гораздо лучше
"2." хуже потому что неизвестно что изменится в "/wp-content/plugins/woocommerce/templates/content-product.php" при следующем обновлении Woocommerce. Как минимум изменится строчка вида "@version 3.6.0".
