Собираешь все, что нужно записать в один массив и записываешь. А так у тебя в файле просто текстом лежат друг за другом сериализированые массивы.
Если нужно отфильтровать - отфильтруй нужные данные, собери новый массив и сохраняй его целиком.
file_put_contents($filename, serialize($selectedProxiesCountry));