На всякий случай, если будет кому полезно, нашёл решение для себя: Скачал аддон для VSCode t-akasaki.git-skip-worktree-manager и добавил в skip worktree бинарники, которые обновляются чаще всего. Когда же возникает проблема с пуллом, все они переносятся в no-skip worktree и дискардятся в списке изменений. Таким образом пулл происходит успешно, и затем файлы отправляются обратно в skip worktree. Не идеальное решение, но в описанных условиях качественно оптимизирует рабочий процесс, т.к. дискард нужно сделать лишь один раз перед пуллом, а не каждый раз перед тем, чтобы сделать пуш.
Спасибо всем за мозговой штурм.