из-за того что с 12 (по-моему) версии в компоненте корзины битрикса вынесли пакет функций во внешний файл и вверху делают его include() (без _once) из за этого два одинаковых компонента корзины на одной странице жить нормально не будут.
если он вам так нужны и вверху и внизу, используйте нормальный ajax а не тот что дает битрикс.