Если ваша z-app по сути является бэкендом для web-app, не вижу проблемы запускать z-app как субпроцесс, скармливая ей данные через stdin и забирая результат из её stdout, Поскольку z-app всё равно работает долго, накладные расходы на запуск дочернего процесса проблемой не будут. Python это делает своим модулем subprocess, как это делает golang - не знаю.
В любом случае вы уткнётесь в передачу данных или напрямую через поток, или сохранением потока на диск в файл и передачей имени файла. Если же у вас z-app часто обновляется, решение с субпроцессами даст ещё и отсутствие проблем с апдейтами - новый инстанс просто запустится из нового файла