Ничего не стало ясно)
[Wed Dec 20 17:51:37.392427 2017] [php7:error] [pid 1127] [client 127.0.0.1:53436] script '/var/www/html/1.php' not found or unable to stat
Рабочей директорией является home/user/www. Если поместить файл в www и открыть через localhost/test.php, то всё работает, но если создать в www папку test, поместить файл в эту папку и попробовать открыть файл через localhost/test/test.php, выдаёт ту самую ошибку.