Если речь идет о TCP/UDP портах (транспортный уровень), то главное не допускать пересечения номеров портов с заранее определенными в системе. К примеру протокол FTP по умолчанию использует 21 порт, RIP - 520 порт, DNS - 53 порт. Их очень много, но вероятность пересечения крайне мала при выборе порта выше 1024. Используйте порты в диапазоне 1024—49151 и не будет проблем.
Более подробно о резерве портов:
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%BF%D0%B8%D... 